2013年4月16日、国民栄誉賞を松井秀喜と同時受賞した。5月5日の東京ドームの巨人対広島戦の試合前に、松井の引退セレモニーと合わせて、授与式が行われ、8年ぶりに公でスピーチを行い、試合前の始球式では長嶋が片手打ちで打席に入り、投手に松井、捕手は巨人の監督の原辰徳、球審は首相の安倍晋三が務めた。